Wilayah Yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara membawahi 3 Pengadilan Agama, yaitu:
- Pengadilan Agama Tanjung Selor Kelas I B
- Pengadilan Agama Tarakan Kelas I B
- Pengadilan Agama Nunukan Kelas II
PETA YURISDIKSI PENGADILAN TINGGI AGAMA KALIMANTAN UTARA