Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara (Kaltara) dibentuk pada tanggal 31 Desember 2021, hal tersebut sejalan dengan disahkannya Undang-Undang Nomor 8 Tahun 2021 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Agama Bali, Pengadilan Tinggi Agama Papua Barat, Pengadilan Tinggi Agama Kepulauan Riau, Pengadilan Tinggi Agama Sulawesi Barat dan Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara oleh Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) pada Tanggal 31 Desember 2021. Berdasarkan ketentuan Pasal 1 huruf e Undang-Undang Nomor 8 Tahun 2021 dijelaskan bahwa, dengan Undang-Undang ini dibentuk Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara yang berkedudukan di Tanjung Selor yang wilayah hukumnya meliputi Provinsi Kalimantan Utara.Namun demikian, meskipun Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara telah dibentuk sejak tanggal 31 Desember 2021, peresmian operasionalnya baru dapat dilaksanakan pada tanggal 05 Desember 2022 bersamaan dengan peresmian operasional 13 Pengadilan Banding baru oleh YM Ketua Mahkamah Agung Republik Indonesia yang bertempat di Pengadilan Negeri Tanjung Pinang Kepulauan Riau sesuai dengan Surat Keputusan Ketua Mahkamah Agung Nomor 337/KMA/SK/XI/2022 Tentang Penetapan Tanggal Dan Tempat Peresmian Operasional Tiga Belas Pengadilan Tingkat Banding Baru dan Tiga Puluh Delapan Gedung Pengadilan Tingkat Pertama Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara terletak di Tanjung Selor yang merupakan ibukota Provinsi Kabupaten Bulungan, tepatnya di Jalan Binjai Kecamatan Tanjung Selor Hilir Kabupaten Bulungan Provinsi Kalimantan Utara.
Pembentukan Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara sebagaimana dijelaskan dalam konsideran huruf b Undang-Undang Nomor 8 Tahun 2021 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Agama Bali, Pengadilan Tinggi Agama Papua Barat, Pengadilan Tinggi Agama Kepulauan Riau, Pengadilan Tinggi Agama Sulawesi Barat dan Pengadilan Tinggi Agama Kalimantan Utara, dilatarbelakangi karena telah terbentuknya provinsi Kalimantan Utara. Untuk meningkatkan pelayanan hukum kepada masyarakat dan demi tercapainya penyelesaian perkara secara sederhana, cepat dan biaya ringan di wilayah Provinsi Kalimantan Utara yang telah berdiri sejak 16 November 2012 tentu diperlukan Lembaga Pengadilan in-casu Pengadilan Tinggi Agama.